Soutenance de thèse
Thèse de doctorat en Écologie et évolution
Madame Lou-Anne JANNEL
mardi 10 décembre 2024
à 13h00
Lieu : Université de La Réunion Campus Sud Le Tampon 117 Rue du général Ailleret 97430 Le TAMPON
Salle : Amphithéâtre 120 D
URL salle virtuelle :
https://univ-reunion-fr.zoom.us/j/89330798892
Madame Lou-Anne JANNEL soutiendra publiquement ses travaux de thèse intitulés " Utilisation de l’ADNe comme outil innovant pour appréhender les variations de la biodiversité suite aux modifications environnementales et anthropiques dans le continuum terre-mer à La Réunion".
Composition du jury proposé :
M. Philippe JOURAND, IRD UMR ENTROPIE, Directeur de thèse
M. Eric FEUNTEUN, Muséum National d'Histoire Naturelle (MNHN), Rapporteur
Mme Stéphanie MANEL, École Pratique des Hautes Études (EPHE), Rapporteure
Mme Pascale CHABANET, IRD UMR ENTROPIE, Co-directrice de thèse
Mme Lucie PENIN, Université de La Réunion UMR ENTROPIE, Examinatrice
M. Jean-Dominique DURAND, IRD - UMR MARBEC, Examinateur
M. Pierre VALADE, OCEA CONSULT, Invité
Mots-clés :
ADN environnemental, Continuum terre-mer, Biodiversité, Bioindicateur, Microbiome, Ile de La Réunion
Résumé :
L'absence d'une approche intégrant la biodiversité terrestre et marine compromet la gestion des écosystèmes, bien que les interactions terre-mer soient cruciales pour évaluer l'impact des pressions humaines et des changements globaux. Aujourd'hui, la biodiversité est étudiée principalement via des méthodes classiques (inventaires biologiques) qui limitent les analyses intégratives. Toutefois, les nouvelles technologies basées sur le séquençage à haut débit de l'ADN environnemental (ADNe) offrent une vision plus précise de la biodiversité, permettant d'identifier des bioindicateurs de l'état des écosystèmes. Cette approche est essentielle dans les milieux insulaires tropicaux où la biodiversité terrestre, riche en espèces endémiques, est vulnérable. A La Réunion, ces écosystèmes isolés subissent des pressions humaines intenses, surtout le long des continuums terre-mer, et l’intégration de leur dynamique dans la gestion écologique reste insuffisante malgré les menaces croissantes. Cette thèse évalue l'efficacité de l'ADNe pour la gestion et la conservation des écosystèmes réunionnais, en se concentrant sur le suivi de la macrofaune et du microbiome dans le continuum terre-mer. Des bassins versants représentatifs de diverses conditions hydrologiques et d'occupation des sols (agriculture, urbanisation, milieux naturels) ont été étudiés. L'ADNe a permis de détecter macrofaune (poissons, invertébrés), microfaune (diatomées) et microbiome bactérien de l'eau, des sédiments et des intestins de poissons. Des analyses de corrélations entre les communautés biologiques et les paramètres environnementaux et anthropiques ont été effectuées pour révéler des bioindicateurs reflétant l'état des écosystèmes. L'étude a confirmé l'efficacité de l'ADNe par rapport aux méthodes traditionnelles comme la pêche électrique, révélant deux fois plus d'espèces de poissons, incluant des espèces endémiques (Cotyloppus acutipinnis), exotiques (Oreochromis niloticus), cryptiques (Eleotris spp.) ou difficiles à capturer (Anguilla spp.). En parallèle, l'analyse des microbiomes a montré une variabilité interbassins sans différence saisonnière notable. Certaines rivières, comme la rivière du Mât et la rivière Saint-Etienne, présentent des taxons indicateurs de signes de pollution organique et d'eutrophisation (présence de Flavobacterium et Pleurocapsa) alors que d'autres comme la rivière des Marsouins et la ravine Saint-Gilles présente une dominance de taxons associés à une bonne qualité d'eau (genres Pseudarcicella et Sediminibacterium). Les corrélations entre données ADNe et paramètres physico-chimiques de l'eau (e.g. conductivité, oxygène) ou facteurs anthropiques (e.g. atrazine) montrent que la macrofaune est un bioindicateur à l’échelle des bassins versants, tandis que la microfaune est plus sensible aux conditions locales. Cette étude, la première dans l'océan Indien à examiner plusieurs groupes taxonomiques provenant de différents habitats aquatiques sur le continuum terre-mer, montre la pertinence de l'ADNe pour caractériser la biodiversité et proposer de nouveaux bioindicateurs. Cet outil, plus performant que les méthodes traditionnelles, éclaire la gestion des écosystèmes en révélant une biodiversité plus riche. L'intégration de l'ADNe dans les programmes de gestion écologique se révèle pertinente pour préserver les écosystèmes insulaires fragiles comme ceux de La Réunion. Cette approche permet de détecter précocement les signes de dégradation et de protéger les espèces les plus vulnérables aux pressions anthropiques. Enfin, un réseau de suivi régional concerté renforcerait la compréhension des dynamiques écologiques dans des contextes contrastés, améliorant ainsi la gestion des taxons à enjeux de conservation. Un tel réseau favoriserait des stratégies de conservation plus efficaces, adaptées aux spécificités locales, et une gestion durable à travers les îles de l'océan Indien.
