La région Sud-Ouest de l?Océan Indien est reconnue comme l?un des 34 hotspots de biodiversité mondiale pour la diversité des espèces endémiques végétales et animales qu?elle abrite. Si cette diversité unique est abondamment étudiée à l?échelle internationale, peu de données sont aujourd?hui disponibles concernant les microorganismes qui leur sont associés. Les travaux présentés dans le cadre de cette HDR, menés pour l?essentiel au Centre de Recherche et de Veille sur les Maladies Emergentes dans l?Océan Indien (www.crvoi.org), montrent comment la faune sauvage régionale est elle-même infectée par un cortège de parasites dont certains sont probablement endémiques. L?étude d?agents infectieux modèles tels que les leptospires pathogènes ou les bactéries à transmission vectorielle montre que la diversité de ces parasites résulte en partie d?évènements de colonisation et de radiation. Ces résultats seront discutés tant d?un point de vue de biogéographie insulaire que pour leur signification en santé humaine.